O acervo do CMC é híbrido, com características tanto arquivísticas, como museológicas e bibliográficas. Ele se organiza em Coleções, e estas a partir de Seções. As Coleções são agrupamentos de documentos que podem ser relacionados aos circos (como a do Circo Nerino), às famílias (como a da Família Queirolo), aos artistas (como a do Mestre Maranhão), aos grupos (como a do La Mínima) e às associações de classe (como a da Abracirco). Dentro das coleções há as Seções, que representam a proveniência dos documentos (como a Seção MASP, da coleção Família Pinto, e a Seção Pururuca, da Coleção Família Queirolo).
As coleções são disponibilizadas em três níveis de acesso. No nível I encontram-se os documentos mais representativos; no nível II, documentos com potencial para pesquisa e estudo; e no nível III, documentos em mau estado de conservação, repetidos etc. Além das exposições, publicações e audiovisuais, o acervo é disponibilizado por meio de visitas às Reservas Técnicas e de consultas previamente agendadas.
Os documentos do acervo foram a princípio classificados conforme o seu formato e suporte. Por exemplo: documentos textuais, iconográficos, tridimensionais e audiovisuais. Com o tempo, percebeu-se que esta classificação não bastava para compreender e revelar o caráter de um acervo de circo. Acrescentou-se então à classificação desses grandes grupos uma outra classificação, que ainda se encontra em processo, construída sob o ponto de vista da produção circense.
Em termos de classificação percebeu-se num primeiro momento a presença de dois grupos definidos: um de documentos produzidos (em sua grande maioria pelos próprios circenses) para o exercício da profissão (como aparelhos, figurinos, partituras musicais, peças de circo-teatro, cartazes, ingressos, etc.); e outro para o registro da história das famílias, companhias e artistas (fotografias, diários, clippings etc.).
Ao aprofundar o desenvolvimento de uma museologia própria para o circo, optou-se, então, por organizar os documentos a partir dos seguintes núcleos temáticos da produção circense:
ITINERÂNCIA – Documentos relacionados ao movimento de itinerância dos circos, que incluem as malas para o transporte de pertences, fotos revelando os meios de transporte, objetos de guarda, ferramentas, barracas, trailers, caravanas etc.
LONA – Tudo o que se refere à estrutura física do circo se insere nesse tema, por exemplo: maquete de circo, fotos da montagem do circo, ferramentas usadas no processo de montagem etc.
ESPETÁCULOS – Envolve os registros das apresentações, os objetos e os figurinos de cena, programas de espetáculo, instrumentos musicais, peças de circo-teatro etc.
COMUNICAÇÃO/PROPAGANDA – Material de divulgação dos espetáculos, circos e artistas, por exemplo, cartazes e catálogos de espetáculos.
ADMINISTRAÇÃO – Documentos relacionados à rotina burocrática de funcionamento do circo: alvarás de funcionamento, licença do corpo de bombeiros etc.
MEMÓRIA – Documentos que registram as histórias dos circenses, entre eles de memória familiar (fotos de família, cartas, videos); memória pessoal (documentos de identidade, DRT ); objetos condecorativos (medalhas, troféus, cinturão de Juanita Pereira).
